Sejarah DESA Kedungglugu berawal dari seorang yang bernama Tumenggung KOPEK, Belihau adalah Prajurit Kerajaan Mataram yang ditugaskan diwilayah Tosono. Didaerah Tosono Tumenggung KOPEK menikah dengan Putri Tosono dan diberi hadiah tanah Pakuncen Patianrowo. Dan disanalah Tumenggung Kopek dinobatkan menjadi patih di kepatian Pakuncen Patianrowo. Yang selanjudnya anak buahnya yang bernama TOIKROMO diberi tugas untuk babat/membuka hutan diwilayah Barat, Di tengah hutan belantara yang terdapat pohon besar, binatang buas, dan juga sungai yang dalam dan menyeramkan yang disebut kedung. Hampir disetiap kedung dikelilingi pohon kelapabesar dan tinggi. Untuk melintasi sungai yang dalam dan curam tersebut dibutuhkan batang Pohon kelapa sebagai lintasan / jembatan . penduduk setempat menyebutnya KEDUNGGLUGU yang artinya sungai yang dalam dan curam yang dipasang jembatan batang pohon. Hingga akhirnya sampai sekarang daerah tersebut dijadikan pemukiman penduduk yang dijuluki   kedungglugu yang sekarang disebut Desa KEDUNGGLUGU dengan penduduk 14 kk.

Adapun Kepala Desa yang pernah memerintah Desa Kedungglugu adalah :

1.  H. Ikshan tahun 1940 – 1945

2.  Dolah pada tahun 1945 – 1950

3.  H. Ikshan tahun 1950 – 1960

4.  Sucipto pada tahun 1960 – 1970

5.  Sugito pada tahun 1970 – 1973

6.  Sunaryo pada tahun 1975 – 1977

7.  Warneng tahun 1977 – 1979 dijabat Kamituwo Sumber

8.  Suroto pada tahun 1979 – 1990

9.  Priono pada tahun 1990 – 1998

10. Sukartono tahun 1998 – 2007

11. Darwanto pada tahun 2007 - 2013

12. Istikomah S.Pd pada tahun 2013 - 2019

13. Sartono pada tahun 2019 -  …………

Sebuah kejadian yang tidak pernah terlupakan sampai sekarang yaitu pada saat terjadi bencana alam banjir besar yang melanda desa kedungglugu, pada waktu itu terdapat bangkai manusia yang hanjut dari sungai menuju ketanah sawah. Tanah sawah itulah yang sampai sekarang disebut MENTOYO yang artinya daerah air ( air yang tak pernah surut ) dengan luas 70 Ha . Wilayah tersebut belum ada yang memiliki atau mengakui, akhirnya dengan pertimbangan banyak penduduk desa di lingkungan tersebut disampaikan bahwa barang siapa yang mau mengambil bangkai manusia tersebut sebagai imbalanya adalah tanah mentoyo tersebut . Akhirnya hanya orang dari Kedungglugu yang berani mengambil bangkai manusia itu, sehingga sampai sekarang tanah mentoyo merupakan bagian dari wilayah kedungglugu yang luas keseluruhan desa Kedungglugu sekarang 170 Ha yang terdiri dari 2 dusun yaitu dusun Kedunggalih dan Desa Kedungglugu sebagai krajan. Batas batas wilayahnya, sebelah Utara Desa Jaan , Sebelah Timur desa Mabung , sebelah selatan Desa Senjayan dan sebelah Barat adalah Desa Karangsemi.